东非法院的强烈反对源于肯尼亚政府挑选的东非立法议会 (EALA) 候选人名单引发的争议。在Anyang Nyong'o 诉肯尼亚总检察长案中，东非法院发布了一项禁令，禁止候选人宣誓就职，因为他们没有按照东非共同体条约的要求当选。
这项禁令激怒了肯尼亚官员，他们采取的第一步就是在幕后发起运动，试图废除这个刚刚起步的法院。乌干达和坦桑尼亚总统认为这项提议过于极端，因为他们致力于恢复东非一体化项目。由于无法完全废除东非非洲法院，肯尼亚威胁要罢免该法院的两名肯尼亚法官。这一努力也适得其反。东非非洲法院拒绝屈服，政府后来承认，对其中一名法官提出的腐败指控毫无根据。
肯尼亚毫不气馁，采取了第三种方法——修改东非共同体条 比利时 WhatsApp 号码数据库 约中有关法院权力的条款。修正案起草得异常迅速，并在绕过共同体协商程序的特别峰会上得到了各国首脑的批准。条约修订将法院分为两个部门（允许成员国任命更多保守派法官进入新的上诉法庭），扩大了被指控国内不当行为的法官被免职或停职的理由，明确规定法院不能审理条约赋予国内行为者管辖权的案件，并增加了私人诉讼当事人提出申诉的两个月时效期。
当民间社会团体对修正案提出质疑时，法院发现修正案通过过程存在问题。但法院拒绝宣布修正案无效。与此同时，肯尼亚政府最终遵守了引发强烈反对的有争议的尼永奥裁决。
南部非洲发展共同体法庭：一次成功的反击
对南部非洲发展共同体法庭的强烈反对源于 2007 年津巴布韦白人地主迈克尔·坎贝尔的一场诉讼，该诉讼质疑穆加贝总统后殖民时期土地再分配政策中对他农场的没收。法庭裁定坎贝尔胜诉，认为政府基于种族歧视他，未经正当程序没收他的土地，并拒绝他诉诸法庭。南部非洲发展共同体法官还发布了一项初步禁令，禁止政府驱逐坎贝尔或干涉他对土地的使用。
在接下来的几年里，该法庭发布了一系列裁决和命令，广泛解释了其管辖权和《南部非洲发展共同体条约》。这些大胆的裁决——以及法官们愿意敦促南部非洲发展共同体峰会对不遵守条约的津巴布韦进行制裁——加剧了与穆加贝的对抗，并为对次区域法庭及其法官的强烈反对奠定了基础。